שיתופי פעולה
לשכת רב הקמפוס
המכון הגבוה לתורה עובד בכל ימות השנה בשיתוף פעולה הדוק עם לשכת רב הקמפוס – הרב שלמה שפר – בשבתות קמפוס, חגים ומועדים, בפרויקטים מיוחדים כמו ליל הושענא רבה, הקפות שניות, ברכת האילנות, בימי זיכרון ממלכתיים ופרטיים, ועוד.
כיתת תקשורת – ישיבה תיכונית אמי"ת כפר גנים, פתח תקווה
החל משנה"ל תשע"ט יצא המכון הגבוה לתורה בפרוייקט ייחודי בשיתוף פעולה עם תלמידי כיתת התקשורת בישיבת אמי"ת כפר גנים פ"ת. תלמידי כיתה י"ב בעלי לקויות תקשורת (על הרצף האוטיסטי; בעלי יכולת תפקודית מתאימה) ישתלבו במכון במגוון תחומי תעסוקה ולימוד, במטרה לשלבם בסביבת חיים בוגרת ועצמאית.
מרכז התכנית – עמיאל קינן.
ישיבה תיכונית אמי"ת בר-אילן, גבעת שמואל
תלמידי הישיבה התיכונית אמי"ת בר אילן עוסקים במהלך שנת הלימודים בכתיבת עבודות חקר תורניות. פרוייקט של שיתוף פעולה בין תלמידי אמי"ת לתלמידי המכון מאפשר ליווי של התלמידים בכתיבת העבודות. הפרוייקט מאפשר לתלמידים חשיפה לספרייה התורנית במכון ולמאגרי המידע, כמו גם לחיי בית המדרש ולתלמידים-סטודנטים החובשים את ספסליו.
בנוסף, מתקיים בבית המדרש שיעור קבוע במחשבת ישראל, המיועד לתלמידי הישיבה.